東亞種業(yè)科研起始于1993年設立的東亞種子研發(fā)中心，下設13個育種所，涵蓋玉米、水稻、高粱、大豆、向日葵、蔬菜、馬鈴薯、林果等，試驗站和測試中心遍布全國。
擁有科技骨干約60人，包括多位業(yè)界知名博士和科學家；
與中國農(nóng)業(yè)大學、中國農(nóng)業(yè)科學院、遼寧省農(nóng)業(yè)科學院、沈陽農(nóng)業(yè)大學等密切合作；
與科沃斯、拜耳、先正達、杜邦等廣泛合作交流；
至今累計研發(fā)投入約4.5億元；
95%以上的品種為自主研發(fā)，并擁有獨立知識產(chǎn)權；
主要研發(fā)機構包括：東亞現(xiàn)代種業(yè)研發(fā)中心（沈陽沈北新區(qū)，60畝）、東亞種業(yè)國際種子研發(fā)中心（沈陽清水臺，1800畝）、東亞種業(yè)海南繁育基地（三亞鳳凰鎮(zhèn)，80畝）、北美東亞種業(yè)研發(fā)中心（加拿大安大略省，630畝）

東亞現(xiàn)代種業(yè)研發(fā)中心由清華大學建筑設計研究院規(guī)劃設計，建有1.2萬平方米的綜合研發(fā)樓和1000平方米的人工氣候室，配置儀器設備約400臺（套），投入經(jīng)費近2億元。研發(fā)中心設有玉米生物育種國家重點實驗室、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部東北主要作物遺傳育種重點實驗室，劃分為六大功能平臺，不但可以提供植物基因組服務，也可在人類和動物基因組方面提供高通量DNA提取、SSR/KASP檢測、芯片檢測和精準醫(yī)療等服務。

東亞種業(yè)踐行科企合作模式，與中國農(nóng)業(yè)大學國家玉米改良中心、北京市農(nóng)林科學院國家信息研究中心和玉米研究中心、沈陽農(nóng)業(yè)大學、中科院沈陽自動化研究所等重點高校和科研院所強強合作，取得多項重要專利性成果。

自2006年參與國家火炬計劃至今，東亞種業(yè)承擔了農(nóng)業(yè)農(nóng)村部、科技部、發(fā)改委和省市各級政府部門的系列科研任務百余項，包括多個國家轉(zhuǎn)基因重大專項和技術攻關。